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深圳先進院?| 揭示肺癌腦轉移的驅動基因和克隆演化規律(Cell Reports)
轉移是導致90%以上癌癥病人治療失敗和死亡的原因。其中非小細胞肺癌(NSCLC)患者中約1/3會發生腦轉移。與其他轉移部位不同,腦轉移需跨越血腦屏障,既影響腫瘤細胞的適應性,也限制治療方案的選擇。既往關于轉移的基因組學研究,主要基于非配對原發和轉移的腫瘤突變圖譜比較。然而,這種研究策略難以鑒定原發灶中驅動轉移的突變基因,同時難以解析轉移的演化規律和適應性。因此,系統分析和比較同一病人的原發灶和多器官轉移灶的基因組學,闡明轉移器官趨向性的基因組學特征與演化規律,具有重要意義。轉移是導致90%以上癌癥病人治療失敗和死亡的原因。其中非小細胞肺癌(NSCLC)患者中約1/3會發生腦轉移。與其他轉移部位不同,腦轉移需跨越血腦屏障,既影響腫瘤細胞的適應性,也限制治療方案的選擇。既往關于轉移的基因組學研究,主要基于非配對原發和轉移的腫瘤突變圖譜比較。然而,這種研究策略難以鑒定原發灶中驅動轉移的突變基因,同時難以解析轉移的演化規律和適應性。因此,系統分析和比較同一病人的原發灶和多器官轉移灶的基因組學,闡明轉移器官趨向性的基因組學特征與演化規律,具有重要意義。近日,中國科學院深圳先進技術研究院合成生物學研究所胡政、廣東省人民醫院/廣東省肺癌研究所鐘文昭和中山大學腫瘤防治中心牟永告團隊在Cell Reports在線發表題為“Deciphering genomic evolution of metastatic organotropism with 535 paired primary lung cancers and metastases”的研究論文。報道了對223例非小細胞肺癌基因組測序數據(共885個原發/轉移配對腫瘤樣品)的分析結果,揭示了不同轉移部位的克隆起源、轉移趨向性決定基因以及轉移灶中觀察到由雜合性丟失驅動的“早期驅動突變丟失”現象。首先,研究者通過整合團隊自主數據和公共數據,構建了大規模的配對原發-轉移全外顯子組數據隊列(圖1),涵蓋223個配對原發腫瘤、94個腦轉移(BM)、39個遠處顱外轉移(ExM)和179個淋巴結轉移(LNM)。結果顯示,原發與配對轉移灶的腫瘤驅動突變總體高度一致,但有趣的是,與未轉移的早期原發腫瘤相比,肺癌腦轉移配對的原發腫瘤中富集PTPRD、FAT1等突變基因(圖2A),且在原發階段即呈更高的突變克隆性(圖2B-D),提示這些驅動基因可能在轉移啟動前已賦予器官轉移趨向性。然后,研究者通過團隊之前開發的轉移克隆性計算框架,比較原發/轉移灶中攜帶突變的腫瘤細胞比例(cancer cell fraction或CCF),解析了轉移的克隆起源模式,即單克隆起源(monoclonal seeding)或多克隆起源(polyclonal seeding)(圖3A)。單克隆起源指轉移由原發灶中的單個細胞發起(“單兵作戰”),而多克隆起源指轉移由多個細胞發起(“團隊協作”)。研究者發現多克隆起源在腦轉移中相比于其他轉移中相對較為普遍(圖3B左),且藥物治療并不影響這一結果(圖3B右)。該結果表明腦部的獨特結構(例如血腦屏障)導致原發灶腫瘤細胞在轉移過程中面臨高強度的選擇壓力,造成了顯著的瓶頸效應。最后,在多例配對進化樹中,研究者鑒定到轉移灶通過特異性LOH而丟失原發階段即存在的早期驅動突變,提示轉移微環境可能對部分“原發適應性驅動”施加負選擇,導致早期在原發部位獲得的驅動突變在轉移灶丟失(圖4)。總之,該研究通過系統地分析不同轉移部位、大規模原發-轉移配對測序數據,揭示器官轉移趨向性驅動基因突變在原發階段即已存在,跨越血腦屏障的強瓶頸效應使腦轉移傾向于以單克隆轉移,而轉移后又可能通過LOH“丟失”原發腫瘤獲得的早期驅動突變。這些發現為肺癌腦轉移風險預測和早期靶向干預提供了指導。中國科學院深圳先進技術研究院合成生物學研究所胡政研究員、廣東省人民醫院/廣東省肺癌研究所所長鐘文昭教授和中山大學腫瘤防治中心神經外科牟永告教授為本文共同通訊作者。中國科學院深圳先進技術研究院-澳門大學聯合培養博士研究生解鐸;中山市人民醫院心胸外科主治醫師、廣東省肺癌研究所博士研究生唐文芳;同濟大學附屬上海市肺科醫院蔣濤教授;中山大學腫瘤防治中心神經外科副主任醫師段昊博士為論文的共同第一作者。該項研究成果獲得國家自然科學基金、廣東省自然科學基金、深圳合成生物學創新研究院等項目的資助。文章上線截圖原文鏈接:https://www.cell.com/cell-reports/fulltext/S2211-1247(25)01220-3<!--!doctype-->圖1. 223例轉移性非小細胞肺癌的原發-轉移配對基因組數據集圖2.?(A)發生腦轉移的原發灶vs早期肺癌的驅動突變基因比較;(B-C)驅動突變基因在不同原發灶(B)和轉移灶(C)的相對豐度;(D)驅動突變基因的克隆性圖3.?非小細胞肺癌不同轉移灶的定植克隆性圖4.?雜合性丟失引起的的早期驅動突變丟失
2025-10-21
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廣州地化所伍耀文、田輝、樊海峰等—NC:地球深淺聯動新機制——大陸弧火山作用驅動的風化演變促進寒武紀生命大爆發
?大約5.4億至5.15億年前的寒武紀初期,地球生命發生了前所未有的快速演化,被稱為“寒武紀生命大爆發”。為何復雜的多門類動物會在這一時期“突然”出現?學界普遍認為,營養元素(如磷)的供應和大氣氧氣水平的上升是兩個關鍵的環境條件。然而,什么樣的全球性構造事件觸發了這些環境劇變一直是一個懸而未決的科學問題。雖然前人提出岡瓦納大陸聚合造山作用驅動的風化營養鹽輸入和海水化學變化是寒武紀生命大爆發的重要機制,但主要的陸陸碰撞造山期(600Ma之前)要遠早于寒武紀生命大爆發的時間。值得注意的是,岡瓦納大陸邊緣活躍的俯沖作用和大陸弧火山會促使高效的深部二氧化碳脫氣和地幔物質抬升暴露,進而產生更強的風化-營養鹽-海洋化學之間的反饋機制。鑒于該過程與寒武紀大爆發時間重疊,其極有可能是寒武紀生命大爆發的重要驅動力,但目前仍缺乏關鍵的地球化學證據來建立二者之間的因果聯系。?鑒于此,在廣州地化所彭平安院士指導下,由廣州地化所田輝研究員和地化所樊海峰研究員共同主導,合肥工業大學、德國邁因茨大學、美國邁阿密大學、荷蘭烏得勒支大學等國內外多家研究機構參與的聯合研究團隊,提出了地球深淺聯動驅動的寒武紀生命大爆發新模式。?研究團隊選取了華南揚子區塊兩個鉆井(ZK4803和ZK4411)中保存完好的碳酸鹽巖和黑色頁巖/硅質巖樣品,綜合新獲取的鋰(Li)和鋨(Os)同位素和已發表的鍶(Sr)同位素數據,發現在5.4億至5.25億年前海水的上述地球化學指標出現了同步的顯著?“負漂移”?,即Os和Sr同位素比值變輕,同時Li同位素(δ?Li)值急劇降低(圖1)。Os-Sr同位素的負漂移指示了大量來自地幔的年輕非放射成因物質被風化并輸入海洋。Li同位素的負漂移則指示當時正處于強烈的一致性風化階段,巖石被快速溶解,侵蝕率極高。據此,研究團隊推斷在這一時期發生了大陸弧火山驅動的氣候變暖和新鮮火山巖石的快速侵蝕作用。?基于上述新發現并綜合前人成果,研究團隊創新性提出了“構造-風化-生命”三階段演化模型,清晰地勾勒出了該時期從構造活動到生命爆發的關聯演化過程(圖2):(1)早期地殼增厚階段(約550–540 Ma):俯沖作用導致大陸地殼增厚和氣候變暖,啟動了強烈的風化作用。(2)關鍵營養(磷)輸入和增氧階段(約540–525 Ma):大陸弧火山活動進入高峰,富含磷等營養元素的新鮮火山巖被快速侵蝕,向海洋輸送了前所未有的磷,極大促進了海洋生產力,隨之而來的有機碳埋藏則導致大氣氧含量上升。(3)氧氣鞏固與生命輻射階段(約525–515 Ma):風化模式轉變為以形成粘土為主的不一致風化。粘土礦物促進有機質高效埋藏,進一步增進了大氣氧積累,最終滿足了大型、具骨骼動物演化的氧氣需求,直接催生了寒武紀生命大爆發。這項研究不僅解答了“什么構造過程驅動了寒武紀環境變革”這一長期懸而未決的問題,也進一步證明了地球深部活動(俯沖與弧火山作用)、地表風化過程、海水地球化學與生命演化的緊密聯系,為學界深入理解地球系統各圈層如何協同打造地球宜居性這一地球科學前沿研究提供了新的案例。目前,該研究已在線發表在國際知名期刊Nature?Communications,論文第一作者為廣州地化所伍耀文博士,廣州地化所田輝研究員和地化所樊海峰研究員為論文通訊作者,廣州地化所李杰正高級工程師指導了Re-Os同位素測試。該研究受國家自然科學基金和重點研發計劃聯合資助。論文信息:Yaowen Wu,?Hui Tian*,?Haifeng Fan*, Philip A. E. Pogge von Strandmann, Wei Zhao, Jie Li, He Sun, Haiou Gu, Chaojin Lu, Xianyi Liu, Tengfei Li, Sui Ji & Ping’an Peng, 2025. Enhanced erosion by continental arc volcanism as a driver of the Cambrian Explosion.?Nature Communications 16,?9204.?DOI: 10.1038/s41467-025-64253-w.圖1?約560–510 Ma期間的構造運動、磷塊巖分布、同位素地球化學記錄(δ13Ccarb-Os-Sr-Li)與生物多樣性模式關系圖。a:本研究及前人報道的Os同位素記錄(Xu et al., 2011; Fu et al., 2016);b:匯總的Sr同位素記錄(Derry et al., 1994; Brasier et al., 1996; Kaufman et al., 1996; Kaufman et al., 2007);c:大陸弧長度、俯沖帶長度(Mills et al, 2017)、LIPs (Ernst et al., 2021) 以及弧巖漿活動記錄(Zhu et al., 2012; Brown et al., 2020; Oriolo et al., 2021);d:鉆孔ZK4803碳酸鹽巖樣品的Li同位素記錄。紫色線顯示使用局部加權散點平滑法得到的最佳估計曲線,其95%置信區間以灰色區域表示;e:?全球尺度磷塊巖礦床估算的P2O5噸位(Cook and Shergold,1984) 以及海水Ca2+濃度演化(Horita e al., 2002;?Brennan et al., 2004);f?:全球范圍內的門和綱級生物數量(Erwin et al., 2011);g:碳酸鹽δ13Ccarb記錄(Zhu et al., 2006)。圖2?俯沖和弧火山驅動的風化和海水化學演化三階段模型圖。a:約550–540 Ma:俯沖驅動的加厚地殼發生一致風化;b:約540–525 Ma:與巖漿弧相關的新鮮巖石侵蝕作用增強,促進了生物必需營養元素(如磷、鈣)向全球海洋的快速輸送;c:約525–515 Ma:轉變為大陸地殼的不一致風化,伴隨次生粘土形成,以及由此產生的粘土-有機碳高效埋藏和氧氣積累。??主要參考文獻:Brennan, S. T., Lowenstein, T. K. & Horita, J. Seawater chemistry and the advent of biocalcification. Geology 32, 473 (2004).Brasier, M. D., Shields, G., Kuleshov, V. N. & Zhegallo, E. A. Integrated chemo- and biostratigraphic calibration of early animal evolution: Neoproterozoic–early Cambrian of southwest Mongolia.Geol. Mag. 133, 445–485 (1996).Brown, D. A., Hand, M., Morrissey, L. J. & Goodge, J. W. Cambrian eclogite-facies metamorphism in the central Transantarctic Mountains, East Antarctica: Extending the record of early Palaeozoic highpressure metamorphism along the eastern Gondwanan margin. Lithos 366, 105571 (2020).Cook, P. J. & Shergold, J. H. Phosphorus, phosphorites and skeletal evolution at the Precambrian-Cambrian boundary. Nature 308, 231–236 (1984).Derry, L. A. et al. Sr and C isotopes in Lower Cambrian carbonates from the Siberian craton: A paleoenvironmental record during the‘Cambrian explosion’. Earth Planet. Sci. Lett. 128, 671–681 (1994).Ernst, R. E. et al. 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Elevated CO2 degassing rates prevented the return of Snowball Earth during the Phanerozoic. Nat. Commun. 8, 1110 (2017).Oriolo, S. et al. Early Paleozoic accretionary orogens along the Western Gondwana margin. Geosci. Front. 12, 109–130 (2021).Wotte, T. et al. C-, O- and Sr-isotope stratigraphy across the Lower–Middle Cambrian transition of the Cantabrian Zone (Spain) and the Montagne Noire (France), West Gondwana. Pa. laeogeogr. Palaeoclimatol. Palaeoecol. 256, 47–70 (2007).Xu, L. et al. Re-Os age of polymetallic Ni-Mo-PGE-Au mineralization in Early Cambrian black shales of South China—a reassessment. Econ. Geol. 106, 511–522 (2011).Zhu, D.-C. et al. Cambrian bimodal volcanism in the Lhasa Terrane, southern Tibet: Record of an early Paleozoic Andean-type magmatic arc in the Australian proto-Tethyan margin. Chem. Geol. 328, 290–308 (2012).Zhu, M.-Y., Babcock, L. E. & Peng, S.-C. Advances in Cambrian stratigraphy and paleontology: Integrating correlation techniques, paleobiology, taphonomy and paleoenvironmental reconstruction. Palaeoworld 15, 217–222 (2006).
2025-10-21
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廣州地化所張周、鄧陽凡等-GRL:雷瓊火山區地殼減薄與熔融的地震學證據:揭示被動大陸邊緣地幔柱-巖石圈相互作用
????地幔柱-巖石圈的相互作用以及被動大陸伸展作用是調控陸內火山活動與巖石圈演化的關鍵機制,二者協同作用對巖石圈改造和火山活動的影響仍需深入探討。雷瓊火山區位于華南陸塊南部被動伸展陸緣,作為晚新生代火山活動強烈的熱點,分布有數百火山錐和噴發口。地球物理成像顯示雷瓊火山區下方低速異常可自地幔深部延伸至地幔淺部,但現有研究受觀測系統局限,難以精細刻畫巖石圈厚度、地殼熔融和巖漿系統,導致對地幔柱-巖石圈相互作用以及區域伸展特征的認識存有爭議。例如,此前報道深地震測深顯示雷州半島南部和海南島北部存在地殼減薄,而接收函數分析結果顯示為輕微增厚;上地幔的低速異常和殼內低電阻率層暗示存在熔融區域,但缺乏橫向分辨。?針對這些問題,中國科學院廣州地球化學研究所的博士后張周與其合作導師鄧陽凡研究員、徐義剛研究員及李鑫副研究員,聯合中國科學院南海海洋研究所張錦昌研究員,利用課題組新近布設的GIG-LZ寬頻帶地震臺陣,結合中國地震局在海南島上的部分固定臺站(圖1),通過基于P波和S波接收函數的多種分析方法,揭示了雷瓊火山區具有薄的、高Vp/Vs比值和高熔體分數的地殼屬性,全區巖石圈厚度自內陸向海南島具有逐漸減薄的特征。文章主要結論如下:?(1) P波接收函數波形疊加結果顯示雷瓊火山區地殼厚度約24.5 公里,較華南陸塊內部和海南島北部(~28 公里)略薄。Vp/Vs比值達到1.85,高于區域平均值1.76和全球元古代地殼典型值1.73。高的Vp/Vs無法僅用巖性解釋,指示地殼存在部分熔融。本研究基于Gassmann方程考慮三種熔融場景(花崗巖-流紋巖、閃長巖-安山巖、鎂鐵質麻粒巖-玄武巖)估算研究區平均熔體分數約為4.5 vol%,在雷瓊火山區內部可達7.0 vol%。假設初始地殼厚度為30 公里,雷瓊火山區的伸展因子為1.33(區域平均約為1.23),這與典型的伸展大陸邊緣相當,火山區的高伸展量可能促進了巖漿的上升以及雷瓊火山區的火山分布特征。?(2) P波接收函數偏移成像結果(圖2)顯示,雷瓊火山區地殼呈現輕微增厚跡象,而P波接收函數波形疊加結果則顯示為減薄特征。該研究通過構建理論模型并開展合成測試,證實沉積層的存在會導致偏移成像中虛假增厚的現象,而多次波震相能保留減薄的真實特征,從而闡明了波形疊加顯示減薄而偏移成像顯示增厚的原因。綜合波形疊加和偏移成像的結果,該區地殼特征應為減薄與沉積層響應的共同效應。?(3) S波接收函數偏移成像結果(圖2)顯示巖石圈-軟流圈邊界(LAB)的深度從北部~90公里逐漸減薄至南部~60公里,雷瓊火山區為巖石圈厚度漸變區域。測線北段60公里深度處存在巖石圈內部不連續面(MLD)。巖石圈減薄的特征與已有體波、面波層析成像結果相似,指示該區存在地幔上涌和巖石圈破壞特征。?研究區內巖石圈減薄現象分布于測線南段且范圍廣泛,地殼減薄特征則顯著分布于火山集中的伸展區域,表明海南地幔柱及其分支的熱侵蝕作用對現今巖石圈和地殼特征具有整體性影響,但局部火山集中區域仍以被動陸緣伸展作用為主導。與其他地幔柱熱點(如夏威夷、亞速爾、留尼汪和黃石等)不同,雷瓊火山區地殼呈現減薄而非增厚特征,這可能與其處于海南地幔柱外圍,熱通量較低、缺乏顯著底侵作用有關。對比南海東北部的高速下地殼,雷瓊火山區下方殼內低速異常進一步印證了熔融和熱異常的存在。地殼減薄與高伸展量共同表明,被動陸緣伸展是控制現今結構的主導因素,而地幔柱則作為熱源促進熔融過程。?據此,本研究提出了被動陸緣巖石圈與地幔柱相互作用的模型(圖3):在海南地幔柱熱侵蝕與被動陸緣伸展應力共同作用下,軟流圈上涌導致巖石圈地幔沿MLD發生滴落或拆沉,引發雷瓊火山區地殼的部分熔融,顯示為高Vp/Vs、低Vp和高電導率特征。而被動陸緣的伸展作用對地殼的影響在雷瓊火山區可能超過地幔柱的作用。該研究揭示了被動大陸邊緣和地幔柱對巖石圈改造的不同貢獻,為多種地球深部過程導致的區域構造演化提供了研究范例。?相關成果發表于國際知名地學期刊《Geophysical Research Letters》,研究受國家自然科學基金,廣東省科學基金,中國科學院廣州地球化學研究所所長基金和中國科學院廣州地球化學研究所十四五專項的聯合資助。?論文信息:?Zhang,Z. (張周),Deng,Y. *(鄧陽凡),Xu,Y.-G. (徐義剛),Li,X. (李鑫),& Zhang,J.(張錦昌),2025,Seismological evidence for crustal thinning and melting beneath the Leiqiong volcanic area,South China: implications for plume-lithosphere interaction at a passive continental margin,Geophysical Research Letters,52,e2025GL115307.?全文鏈接:https://agupubs.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1029/2025GL115307圖1. (a) 雷瓊火山區(LQV)及周邊地形圖。(b) 本研究使用的地震臺站分布。綠色圓圈和藍色圓圈分別標注GIG-LZ臺陣和固定臺站位置。(c) 遠震事件射線追蹤得到的Ps(紅點)和Sp(藍點)穿透點,藍色線條為偏移成像剖面的位置。(d) 本研究采用的遠震事件分布。紅色三角形為研究區中心,紅點和藍點分別代表P波和S波事件。圖2. (a,b)沿A-A'剖面的P波接收函數(PRFs)和S波接收函數(SRFs)的疊后深度偏移成像(PSDM)圖像。綠點表示P波接收函數波形疊加方法估算的地殼厚度。(c)A-A'剖面莫霍面、MLD和LAB界面的示意圖。頂部俯視圖顯示地震臺站分布:白色立方體為GIG-LZ陣列臺站,藍色立方體為固定臺站。QBV: 瓊北火山;LPV: 雷州半島火山;WIV: 潿洲島火山。圖3. (a)國內典型火山區地殼熔體分數的對比圖。(b)雷瓊火山區巖石圈改造與巖漿系統特征的概念模型圖。綠橙條帶標示剖面沿線的華南陸塊、雷瓊火山區與海南島分界。
2025-10-16
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廣州地化所劉海泉等-GRL:放射性和穩定同位素示蹤高鈮玄武巖中再循環組分
?高鈮玄武巖(HNB:Nb > 20 ppm)和富鈮玄武巖(NEB:10 ppm < Nb < 20 ppm)是俯沖帶中一類特殊的巖石類型,其鈮含量顯著高于典型的弧巖漿巖,類似于洋島玄武巖(OIB)。這類巖石常與俯沖帶埃達克巖共生,并出現在洋脊俯沖或板片斷離等構造背景中,因此HNB–埃達克巖組合被廣泛視為識別古俯沖事件的重要標志。一種主流觀點認為,埃達克巖源自俯沖洋殼的部分熔融,而HNB則源于受埃達克質熔體交代的地幔楔部分熔融,其中鈮的富集與交代成因的角閃石分解有關。另一種觀點則認為,HNB與埃達克巖在成因上無關,只是偶然共生;HNB更可能來源于軟流圈地幔中古老再循環洋殼的貢獻。?中國科學院廣州地化所地幔地球化學學科組劉海泉副研究員、徐義剛研究員、黃小龍研究員,與李杰研究員、張龍副研究員、張樂高級工程師,墨西哥國立自治大學Thierry Calmus教授和圣路易斯波托西自治大學Alfredo Aguillo?n-Robles博士合作,選擇環太平洋俯沖帶墨西哥下加利福尼亞經典的Santa Clara HNB-埃達克巖組合以及San Quintín高鈮玄武巖為研究對象,運用Mo-Sr-Nd-Hf-Pb同位素示蹤手段,揭示了高鈮玄武巖中的古老再循環洋殼及蛇紋巖組分:?1)Santa Clara埃達克巖表現出相對虧損的放射性同位素組成,類似于東太平洋洋隆玄武巖(圖1),支持其來源于滯留的俯沖洋殼部分熔融的成因模型;?2)Santa Clara和San Quintín高鈮玄武巖展現出相對于埃達克巖富集的放射性同位素組成(圖1),表明其成因與古老再循環洋殼相關,而非年輕俯沖板片的參與;圖 1 高鈮玄武巖-埃達克巖組合Nd-Hf同位素組成與全球大洋玄武巖數據圖 2 高鈮玄武巖Mo-Nd-Hf-Pb同位素組成圖 3 墨西哥下加利福尼亞高鈮玄武巖-埃達克巖成因模型圖??3)高鈮玄武巖中Mo同位素的富集與Nd-Hf-Pb同位素變化之間存在協同變化趨勢(圖2),進一步指示再循環蛇紋巖化地幔組分對HNB的成因貢獻(圖3)。由于在俯沖帶氧化環境下,重的Mo傾向于通過熔流體進入地幔楔,殘留洋殼通常具有輕的Mo同位素組成。然而,在板片和地幔楔蛇紋巖還原流體的緩沖下,Mo傾向于不分餾,因而蝕變洋殼的重Mo同位素組成得以保存;同時,板片蛇紋巖流體在上升過程中通過與殘留洋殼反應,可能使殘留洋殼發生Mo同位素再富集。因此,HNB中重Mo同位素組成可能反映了蛇紋巖流體與再循環洋殼的相互作用(圖3)。該成果發表于國際學術期刊《Geophysical Research Letters》,研究受到國家重點研發計劃項目、國家自然科學基金面上項目和重點項目以及廣東省基礎與應用基礎研究基金聯合資助。論文信息:Liu,H.-Q.,Li,J.,Calmus,T.,Aguillón-Robles,A.,Zhang,L.,Zhang,L.,Huang,X.-L.,Xu,Y.-G.,2025. Radiogenic and Stable Isotope Evidence for Recycling of Ancient Oceanic Crust in High-Nb Basalts from Baja California,Mexico. Geophysical Research Letters 52,e2025GL115035.論文鏈接:https://agupubs.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1029/2025GL115035
2025-09-25
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廣州地化所鐘玉婷、徐義剛等-EPSL:精確限定熱河生物群晚期演化的時間框架
?熱河生物群(Jehol Biota)是全球保存最為精美的早白堊世特異埋藏化石群,包含羽毛恐龍、原始鳥類和早期被子植物等,是研究生物輻射演化和陸地生態系統演化的重要窗口。然而,其晚期階段(即九佛堂組)的時間跨度由于以往年代學數據精度有限、取樣層位不夠理想而尚不明確。厘定這一關鍵時期的時間框架,對于揭示古環境變遷與生物演化之間的耦合關系具有重要意義。?中國科學院廣州地球化學研究所鐘玉婷副研究員、徐義剛研究員聯合國內外多家科研機構合作,包括中國科學院廣州地球化學研究所胡建芳研究員、楊漢卿博士、蔡士璽博士,加州大學戴維斯分校M.H. Huyskens博士、Qing-Zhu Yin教授,中國地質大學(北京)褚潤健博士、吳懷春教授,中國科學院南京地質古生物研究所王亞瓊副研究員,南方海洋科學與工程廣東省實驗室(廣州)吳瓊博士,中國地質大學(武漢)馬強教授等,基于燕山科學鉆探項目(YSDP-1)的巖心樣品,系統開展了高精度鈾-鉛地質年代學(CA-ID-TIMS U-Pb)、有機碳同位素、貝葉斯年齡模型與旋回地層學的綜合研究。?該工作成功構建了遼西朝陽盆地九佛堂組高分辨率時間框架,對熱河生物群晚期階段的演化時限提出了新的認識。結合燕山科學鉆探項目YSDP-4的已有數據,進一步限定了九佛堂組的形成持續時間。主要研究成果包括:(1)對九佛堂組關鍵層位火山灰樣品進行了鋯石U-Pb高精度定年,并結合貝葉斯年齡-深度模型,顯著提升了時間框架分辨率。(2)精確定義了遼西地區九佛堂組的年代范圍為124.44–112.25 Ma,延續自早巴列姆期至早阿爾布期。(3)首次對熱河生物群晚期的珍稀化石層進行了精確定年,朝陽盆地上河首剖面和建昌盆地肖臺子剖面兩個重要化石層的年代分別為121.09 +0.18/-0.75 Ma 和 121.539 ± 0.085 Ma,為跨盆地的化石對比與演化序列研究提供了精確時間標尺。(4)約束了熱河生物群晚期的時間跨度約為124–121 Ma,較以往認識縮短約1 Ma,表明該階段的生物演化輻射過程可能更加迅速。(5)九佛堂組的沉積速率相對穩定(8–16 cm/kyr),反映出在華北克拉通破壞背景下裂谷盆地的持續沉降及大型湖泊的長期發育特征。圖1. (a) 喀左盆地:YSDP-4巖心;(b) 朝陽盆地:YSDP-1巖心/上河首剖面;(c) 建昌盆地:肖臺子和三門店剖面;(d) YSDP-4與YSDP-1的δ13Corg有機碳同位素曲線。(a)和(c)分別據Sun et al. (2025)和Yu et al. (2021)修改。紅色加粗年齡為本研究獲得的U-Pb高精度測年數據,帶下劃線的年齡源自貝葉斯年齡-深度模型計算。?該研究不僅提升了九佛堂組及其賦存的熱河生物群晚期階段的年代學精度,也為深入理解早白堊世陸地生態系統演化、火山-構造-氣候耦合過程提供了關鍵時間約束。?該成果發表于國際學術期刊《Earth and Planetary Science Letters》,研究工作得到了國家自然科學基金基礎科學中心項目和面上項目以及廣東省基礎研究計劃項目的聯合資助。?論文信息:Zhong,Y.-T. (鐘玉婷),Huyskens,M.H.,Chu,R.-J. (褚潤健),Yang,H.-Q. (楊漢卿),Hu,J.-F. (胡建芳),Wang,Y.-Q. (王亞瓊),Cai,S.-X. (蔡士璽),Wu,Q. (吳瓊),Ma,Q. (馬強),Wu,H.-C. (吳懷春),Yin,Q.-Z.,Xu,Y.-G.*?(徐義剛),2025. High-precision geochronology of the Early Cretaceous Jiufotang Formation: Temporal constraints on the late phase of the Jehol Biota. Earth and Planetary Science Letters 671,119688.原文鏈接:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0012821X25004868
2025-10-17
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廣州健康院合作揭示TP53突變肝癌新機制,為精準治療指明潛在靶點
近日,中國科學院廣州生物醫藥與健康研究院腫瘤免疫研究組與香港大學萬鈞教授團隊在肝細胞癌(HCC)分子機制與靶向治療研究方面取得重要進展。團隊發現轉錄因子RELA在攜帶TP53R249S突變的HCC中發揮著關鍵抑癌基因作用,并進一步證實RELA激動劑白樺脂酸具有顯著的抗腫瘤效應,為該類預后不良的肝癌患者提供了新的潛在治療策略。相關研究成果以“RELA Ablation Contributes to Progression of Hepatocellular Carcinoma with TP53R249S?Mutation and is a Potential Therapeutic Target”為題發表在《Advanced Science》期刊上。近日,中國科學院廣州生物醫藥與健康研究院腫瘤免疫研究組與香港大學萬鈞教授團隊在肝細胞癌(HCC)分子機制與靶向治療研究方面取得重要進展。團隊發現轉錄因子RELA在攜帶TP53R249S突變的HCC中發揮著關鍵抑癌基因作用,并進一步證實RELA激動劑白樺脂酸具有顯著的抗腫瘤效應,為該類預后不良的肝癌患者提供了新的潛在治療策略。相關研究成果以“RELA Ablation Contributes to Progression of Hepatocellular Carcinoma with TP53R249S?Mutation and is a Potential Therapeutic Target”為題發表在《Advanced Science》期刊上。肝細胞癌是一種常見且高死亡率的惡性腫瘤,其治療仍面臨巨大挑戰。TP53是HCC中最常突變的腫瘤抑制基因,尤其在黃曲霉毒素暴露高發地區,超過90%的HCC病例中存在TP53R249S的特征性突變。然而,TP53突變驅動HCC發生發展的核心機制尚未完全闡明,這嚴重制約了針對性治療策略的研發。為系統揭示人類HCC中的抑癌基因,研究團隊基于CRISPR/Cas9技術,對過表達MYC和TP53R249S的原代人肝細胞(MT-PHHs)進行了異種移植全基因組篩選。篩選結果顯示,RELA是其中最重要的候選抑癌基因之一。機制研究表明,在TP53R249S的基因背景下,RELA的缺失會上調細胞周期和干細胞特性相關基因,并促進上皮間質轉化(EMT),最終驅動原代人肝細胞在小鼠模型中原位轉化為HCC并促進其轉移。臨床上,RELA 低表達與肝細胞癌患者預后不良和腫瘤體積較大呈正相關。在分子機制層面,RELA表達降低會促進DVL1的表達,進而增強β-catenin的核轉位,最終激活致癌的Wnt/β-catenin信號通路。這一發現在HCC中明確了NF-κB與Wnt在腫瘤進展中的功能性協同關系,為理解HCC發病機制提供了新視角。此外,RELA的特異性激動劑——天然產物白樺脂酸(BetA)能夠有效增強RELA活性,并在異種移植瘤模型中顯著抑制攜帶TP53R249S突變的肝癌細胞的生長與轉移。這預示著白樺脂酸或其衍生物有望成為治療TP53R249S突變型HCC的潛在候選藥物。RELA(亦稱p65)作為NF-κB信號傳導的關鍵轉錄因子,以往研究多報道其在多種癌癥中的促癌作用。本研究創新性地揭示了其在TP53R249S突變型HCC中作為抑癌基因的雙面功能,不僅深化了對RELA上下文依賴性功能的理解,也為該肝癌亞型的精準治療提供了理論依據和潛在靶點。廣州健康院博士后吳質平、香港大學王喆和香港創新研究院再生醫學與健康創新中心鄭迪威博士為本論文的共同第一作者,廣州健康院李鵬研究員和香港大學萬鈞教授為共同通訊作者。該項目得到了國家重點研發計劃、國家自然科學基金面上項目、廣東省“一帶一路”聯合實驗室基金及GIBH自主部署項目等多個項目支持。論文鏈接圖 1通過全基因組文庫敲除篩選RELA為HCC的新抑癌基因,RELA通過調控DVL1調節Wnt/β-catenin信號通路發揮抑癌功能,并可作為TP53R249S突變型肝癌治療的新靶點。
2025-10-17
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南海所?|?整合多維信息提升海洋生物分布格局預測研究取得新進展
近日,中國科學院南海海洋研究所林強研究員團隊在整合多維信息提升海洋生物分布格局預測方面取得系列新進展,相關研究成果先后發表于保護生物學與生物地理學經典期刊Conservation Biology、Journal of Biogeography、Ecology and Evolution上。受氣候變化和人類活動影響,海洋生物地理分布格局正在發生劇烈變化。準確預測生物分布格局是理解生物多樣性空間格局、評估其氣候脆弱性和制定有效保護策略的重要基礎。物種分布模型(Species Distribution Models)作為評估生物地理分布的重要工具已被廣泛應用于保護生物學、全球變化生態學、生物地理學等領域。然而,傳統模型往往忽略了專家知識、種間互作等關鍵信息,可能導致模型預測結果難以真實反映物種的地理分布格局,從而誤導對海洋關鍵生物類群的保護決策(張志新 等,2024,Journal of Biogeography,https://doi.org/10.1111/jbi.14789;張志新 等,2025,Conservation Biology,https://doi.org/10.1111/cobi.70015)。針對這一挑戰,研究團隊針對珊瑚礁生態系統的關鍵生物類群開展了系列研究,提出了海洋生物地理分布預測的優化策略。首先,研究團隊以196種海洋魚類(海龍科、石斑魚科等)為研究對象,基于物種分布點記錄,利用四種算法分別構建物種分布模型,并進一步采用機器學習中的meta learner方法,創新性地在模型中整合了IUCN專家繪制的物種分布范圍信息(圖1)。研究結果顯示,整合專家知識的物種分布模型顯著提升了預測結果的合理性,有效避免了傳統模型在地理屏障的過度預測(圖2)。進一步分析發現,專家信息的整合效果與物種分布范圍、分布點數量等因素顯著相關。同時,研究團隊以廣泛分布于熱帶珊瑚礁的小丑魚–海葵和珊瑚蟹–珊瑚兩類典型共棲組合為研究對象(圖3),將共棲關系納入物種分布模型,評估未來氣候變化背景下海葵和珊瑚兩類宿主對共棲生物地理分布格局的影響。研究發現,納入共棲關系后,小丑魚、梯形蟹的當前地理分布會向低緯度偏移(圖4)。同時,共棲關系可能會放大未來氣候變化對小丑魚、梯形蟹地理分布的影響,其中,珊瑚對氣候變化的敏感性更高,導致共棲的珊瑚蟹的未來分布收縮更為顯著。研究成果闡明了整合多維信息對于提升海洋生物分布格局預測能力的重要性,為海洋生物多樣性評估與保護研究提供了更加有力的研究工具,張志新等為上述相關工作的第一或通訊作者,研究成果以“Integrating expert range maps and opportunistic occurrence records of marine fish species in range estimates”、“Improving distribution prediction by integrating expert range maps and opportunistic occurrences: Evidence from Japanese sea cucumber”、“Habitat-forming species: Buffers or amplifiers for mutualistic organisms in response to climate change?”為題,分別發表于Conservation Biology、Ecology and Evolution、Journal of Biogeography上。相關研究得到了國家重點研發計劃青年科學家項目、國家自然科學基金、中國科學院青年創新促進會等項目的支持。相關文章信息:Zhang,Z.*,Bede‐Fazekas,á.,Molinos,J. G.,Mammola,S.,Kass,J. M.,Qu,J.,...& Lin,Q.*. (2025). Integrating expert range maps and opportunistic occurrence records of marine fish species in range estimates. Conservation Biology,e70154.?Xiao,B.+,Yuan,S.+,Bede‐Fazekas,á.,Zhou,J.,Song,X.,Lin,Q.,...Cui,L.* & Zhang,Z.*. (2025). Improving distribution prediction by integrating expert range maps and opportunistic occurrences: Evidence from Japanese sea cucumber. Ecology and Evolution,15(7),e71747.?Qu,J.,Zhang,Z.*,Ma,S.,Wang,Y.,Tang,X.,Yin,J.,...Qin,G.* & Lin,Q. (2025). Habitat-forming species: buffers or amplifiers for mutualistic organisms in response to climate change?Journal of Biogeography,52(8),e15174.?文章鏈接:https://conbio.onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/cobi.70154??????????????https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/ece3.71747??????????????https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/jbi.15174圖 1?整合專家知識研究流程圖圖 2?傳統物種分布模型與整合專家分布范圍模型的預測結果對比圖3?珊瑚蟹-珊瑚、小丑魚-海葵共棲關系圖4?當前氣候條件下珊瑚蟹及小丑魚物種多樣性
2025-10-14
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南海海洋所?|?研究團隊在赤道印度洋潛流多時空尺度變異研究取得系列新進展
近日,中國科學院南海海洋研究所熱帶海洋環境實驗室和熱帶海洋環境與島礁生態全國重點實驗室王衛強研究員團隊在赤道印度洋潛流多時空尺度變異機制研究方面取得系列新突破。相關研究成果分別以“Re-emergence of Indian Ocean Equatorial Undercurrent under Early Positive Indian Ocean Dipole”和“IOD-driven Quasi-biennial Variability Influence on Indian Ocean Equatorial Undercurrent”為題,發表于國際知名期刊Communications Earth & Environment和Journal of Climate上。LTO副研究員黃科為論文第一作者兼通訊作者,研究員王衛強為共同通訊作者,合作作者包括美國科羅拉多大學博爾德分校教授Weiqing Han、華東師范大學教授吳瑩等人。在熱帶海洋溫躍層中,隱藏著一支強勁的"水下高速通道"——赤道潛流(Equatorial Undercurrent,EUC)。作為全球海洋環流系統的關鍵組成部分,EUC如同海洋中的"大動脈",源源不斷地輸送著物質和能量,深刻影響著區域乃至全球海洋環流、氣候和生態系統的動態平衡。然而,與全年穩定存在、維持熱量平衡的太平洋和大西洋EUC不同,印度洋EUC表現出獨特的“消失-再現”間歇性的動態平衡特征:僅在每年早春和早秋出現,而在夏季和冬季則幾乎完全消失——這一現象被譽為印度洋最重要的觀測發現之一。長期以來,學界普遍將印度季風視為導致EUC間歇性消失的主要驅動力,但最新研究揭示其背后的調控機制遠比傳統認知更為復雜。研究團隊基于潛標陣列的長期連續觀測,發現近幾十年來印度洋EUC在夏季出現了顯著的“再現“趨勢,并進一步揭示了其背后的"雙重調控"機制。研究表明,印度洋EUC夏季再現受到印度洋偶極子(IOD)多樣性和厄爾尼諾-南方濤動(ENSO)遙強迫的共同調控。當夏季成熟的正IOD事件爆發時,海氣耦合過程顯著增強,形成有利于EUC發展的耦合動力環境,讓原本應在夏季消失的EUC重新出現在赤道溫躍層。更為意外的是,夏季EUC的再現還與前一年冬季的拉尼娜事件密切相關。拉尼娜如同EUC的幕后激發因子,通過激發赤道海盆波動,沿“海盆傳播—邊界反射—再傳播”的動力路徑,將能量儲存并傳遞至次年夏季,進一步促成了EUC的夏季回歸。這一發現突破了傳統“季風控制消失”的認識框架,提出了“冬季ENSO—夏季IOD”雙重交織作用的新驅動機制。在全球持續變暖的背景下,熱帶印度洋氣候模態頻率和強度的顯著變化使得印度洋EUC夏季再現事件趨于頻繁,這將進一步重塑印度洋物質和能量輸送特征,對鄰近區域氣候系統和生態環境產生更為深遠的影響。圖1:(a) 赤道潛流是熱帶海洋環流系統中一支“水下高速通道”,影響熱帶物質能量輸運;(b) 赤道印度洋潛流夏季重現背后的“雙重調控魔術”示意圖長期以來,學界已注意到印度洋EUC存在顯著的年際變化,且與IOD事件密切相關。然而,受ENSO等復雜動力背景的干擾,難以清晰區分局地和遙強迫對EUC年際變異的調控機制,限制了其預測能力。研究團隊基于長時間觀測數據、再分析資料和海洋動力模式,結合多種統計分析方法,精細識別出EUC具有的獨特準兩年變率特征。在準兩年時間尺度上,EUC呈現出規律性的“相位轉換”,表現為盆地環流一致振蕩(EUC模態)與東西反向“蹺蹺板”模態(EUC轉換模態)的交替出現。這一周期性特征與IOD固有的準兩年“充放電振蕩”框架高度吻合,其驅動機制主要源于風場與溫躍層的耦合過程,通過激發赤道低頻波動,促使潛流發生復雜的相位演變與動力調整。這一系列成果凸顯了我室觀測系統在揭示印度洋環流變異機理中的關鍵作用,不僅深化了對印度洋EUC在全球潛流多樣性中獨特作用的認識,也為提升熱帶環流系統模擬能力提供了新思路,并為物理海洋、生物海洋與地球化學等多學科交叉研究奠定了重要理論基礎。本研究獲得國家自然科學基金重點項目和面上項目,以及基金委共享航次 的聯合資助與數據支持。圖2:印度洋偶極子的固有振蕩通過風場–溫躍層的耦合作用,驅動赤道潛流發生復雜的位相演變及準兩年波動響應的機制示意圖相關論文信息:1.?Huang,Ke*,W. Han,T. Zu,Y. Wu,K. Xu,W. Wang. (2025b). Re-emergence of Indian Ocean Equatorial Undercurrent under Early Positive Indian Ocean Dipole. Communications Earth & Environment,6,698.?https://doi.org/10.1038/s43247-025-02704-42.?Huang,Ke*,D. Wang,Y. Zhu,W. Zhou,J. Yao,B. Peng. (2025c). IOD-driven Quasi-biennial Variability Influence on Indian Ocean Equatorial Undercurrent. Journal of Climate.?https://doi.org/10.1175/JCLI-D-25-0015.1原文鏈接:https://www.nature.com/articles/s43247-025-02704-4??????????https://journals.ametsoc.org/view/journals/clim/aop/JCLI-D-25-0015.1/JCLI-D-25-0015.1.xml??<!--!doctype-->
2025-10-09
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華南植物園研究發現增溫對微生物殘體的負面影響在底層土壤消失
增溫下土壤有機碳,特別是穩定碳庫的變化將深刻影響陸地碳-氣候反饋的強度和方向。微生物殘體碳通常被認為是土壤穩定碳庫的重要成分,其對增溫的響應在熱帶和亞熱帶森林地區研究較少。研究人員依托鼎湖山站于2012年建立的生態系統水平被動增溫實驗平臺,進行了為期8年的連續采樣,分析了南亞熱帶森林土壤微生物殘體對生態系統水平增溫的響應模式及驅動機制。結果表明,隨著增溫幅度的增加,南亞熱帶森林土壤微生物殘體下降。與未增溫(+0℃)處理相比,+2.1℃的增溫使表層(0-10 cm)土壤微生物殘體下降約23%(主要是由于真菌殘體碳的損失),其約占表層土壤總有機碳損失的48%。然而,底層土壤(20-40 cm)微生物殘體碳對增溫的響應不敏感。進一步分析表明,增溫下表層土壤微生物殘體碳的損失主要與增溫刺激的植物與微生物氮競爭導致的土壤氮含量降低有關,而底層土壤微生物殘體對增溫的響應不敏感則與底層土壤更強的礦物保護作用以及更穩定的微生物群落有關(圖1)。相關研究對于準確理解熱帶和亞熱帶森林土壤有機碳動態的溫度響應具有重要意義:1)微生物殘體通常被認為在礦物保護作用下對增溫不敏感,然而,我們發現南亞熱帶森林土壤中的微生物殘體對增溫的響應強于預期,但這種敏感性隨土壤深度而降低。這一現象應在地球系統模型中得到充分考慮。2)增溫引起的植物-土壤相互作用變化對微生物殘體的積累十分重要,僅土壤變暖實驗由于難以監測植物-土壤相互作用變化對微生物殘體積累的影響而可能會低估微生物殘體的溫度敏感性。相關研究成果以《Ecosystem-level warming reduces microbial necromass in the topsoil but not in deeper soil of a subtropical forest》發表于土壤學領域國際經典學術期刊Geoderma上(IF5-years=7.3)。中國科學院華南植物園鼎湖山站博士后劉旭軍為論文的第一作者,劉菊秀研究員為論文的通訊作者。該研究是對先前基于該實驗平臺發現增溫引起的植物-土壤養分競爭抑制了土壤礦物結合態有機碳積累(https://doi.org/10.1016/j.oneear.2025.101465)的進一步機制性驗證。研究得到了國家自然科學基金、廣東省科技計劃、中國博士后科學基金和廣州市科技計劃項目的資助。論文鏈接:https://doi.org/10.1016/j.geoderma.2025.117336圖1. 增溫對南亞熱帶森林土壤微生物殘體碳的影響
2025-10-12
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華南植物園發現長期增溫能促進南亞熱帶森林土壤有機碳的積累
熱帶和亞熱帶森林被認為是全球最具固碳潛力的生態系統之一,其土壤碳儲量約占全球陸地土壤有機碳的三分之一以上。然而,該地區未來可能面臨更加頻繁的高溫事件,未來增溫下這些生態系統能否持續積累土壤有機碳仍存在較大不確定性。一直以來,由于缺乏長期生態系統水平的增溫實驗,使得增溫引起的植物-土壤相互作用變化如何驅動土壤有機碳的溫度響應尚不明確,嚴重阻礙了對未來碳-氣候反饋的準確預測和基于森林的氣候緩解方案的科學制定。針對這一問題,中國科學院華南植物園鼎湖山站劉菊秀研究員團隊于2012年在鼎湖山站建立了野外生態系統水平被動增溫實驗平臺(+0°C、+1.0°C、+2.1°C),開展了長期觀測研究。研究發現,土壤不同有機碳組分對增溫的響應受增溫時間的影響。土壤有機碳對增溫的響應呈“兩個階段”(圖1、2和3):在第一階段(1–4年),增溫導致土壤有機碳凈損失,主要由于增溫刺激的植物-微生物養分競爭導致土壤表層礦物結合態有機碳顯著減少;在第二階段(6–9年),由于持續的植物碳輸入和微生物碳代謝的熱調整使得植物來源的顆粒有機碳顯著增加,從而導致土壤有機碳的凈積累。這些結果表明,在適度增溫下,一些濕潤的熱帶和亞熱帶森林土壤可能繼續積累有機碳,挑戰了以往僅基于土壤增溫實驗而得出的結論:即普遍預測未來變暖會使熱帶和亞熱帶森林成為碳源。該研究加深了人們對增溫下植物-土壤相互作用如何驅動亞熱帶森林土壤有機碳長期動態變化的理解。該研究是對先前基于該實驗平臺觀察到南亞熱帶森林生態系統碳儲量在增溫6年后增加現象(https://doi.org/10.1111/gcb.17072)的進一步深入的機制探究。相關研究成果以”Long-term moderate warming shifts soil carbon cycling but maintains carbon sinks in a subtropical forest”為題,發表在Cell旗下環境科學與生態學領域國際期刊One Earth(IF5-years=19.2)上。中國科學院華南植物園鼎湖山站博士后劉旭軍為論文的第一作者,劉菊秀研究員和美國密歇根大學Peter B. Reich院士為共同通訊作者。研究得到了國家自然科學基金、廣東省重點項目、廣東省科技計劃和中國博士后科學基金的支持。論文鏈接:https://doi.org/10.1016/j.oneear.2025.101465圖1. 增溫對南亞熱帶森林土壤有機碳及其組分的影響圖2. 生物與非生物因子對土壤有機碳及其組分的影響圖3. 增溫下植物-土壤相互作用對南亞熱帶森林土壤有機碳組分的調控機制
2025-10-12
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